بمقتضى المادة 14 من الظهير الشريف المحدث والمنظم للمعهد الملكي للثقافة الأمازيغية، يقوم بأعمال السكرتارية الإدارية للمعهد أمين عام يعيّن ظهير شريف.
ويساعد الأمين العام عميد المعهد في تدبير الشؤون الإدارية للمؤسسة. كما يشارك في أشغال كل من اللجنة العلمية واللجنة الإدارية للمعهد.